卑 南 溪 上 游 發 源 於 關 山 之 東 坡 ， 呈 順 向 河 ， 至 池 上 折 南 流 ， 流 灌 臺 東 縱 谷 平 原 ， 途 中 納 主 要 支 流 鹿 寮 及 鹿 野 兩 溪 ， 於 臺 東 市 附 近 入 海 ， 其 河 口 與 知 本 溪 、 利 嘉 溪 及 太 平 溪 形 成 廣 大 之 三 角 洲 ， 即 臺 東 沖 積 三 角 洲 平 原 ， 全 長 約 八 十 四 公 里 是 東 部 最 長 河 川 ， 其 流 域 面 積 廣 達 一 六 ○ 三 • 二 一 平 方 公 里 。 計畫洪水量17,400秒立方公尺台東縣 : 海端鄉，池上鄉，關山鎮，鹿野鄉，卑南鄉，台東市。

　 卑 南 溪 岸 兩 側 的 地 景 有 峽 谷 、 斷 層 、 石 灰 岩 地 形 等 ， 其 中 以 利 吉 惡 地 ， 堪 稱 臺 東 的 地 形 地 質 國 寶 ， 更 是 一 個 活 的 地 形 教 室 。 而 在 卑 南 溪 的 魚 類 中 ， 分 有 原 生 種 與 外 來 種 兩 大 類 ， 種 類 達 三 十 餘 種 之 多 ， 其 中 高 身 鏟 」 魚 、 鱸 鰻 和 臺 東 間 爬 岩 鰍 三 種 ， 已 列 入 珍 貴 稀 有 保 育 類 野 生 動 物 。

　 卑 南 溪 由 於 其 流 經 的 區 域 廣 大 ， 並 有 急 流 、 緩 流 、 靜 止 水 潭 、 瀑 布 等 不 同 的 棲 地 環 境 ， 且 絕 大 部 分 的 流 域 均 屬 於 未 受 污 染 或 輕 度 污 染 的 水 域 環 境 ， 比 起 臺 灣 其 他 河 川 飽 受 農 業 及 家 庭 廢 水 污 染 的 情 形 ， 卑 南 溪 可 說 是 水 棲 昆 蟲 的 天 堂 。

卑南溪上游(霧鹿溪)霧鹿峽谷