主流北港溪，支流為虎尾溪、三疊溪等，長度82公里，流域面積645平方公里，本水系發源於阿里山西麓，流經雲林縣斗六、斗南、虎尾、土庫、大埤、北港、口湖、水林、古坑，嘉義縣溪口、新港、六腳、東石等鄉鎮。